Il-konfigurazzjoni ewlenija tal-moduli EDI tipikament iddur madwar tliet oqsma: l-interoperabbiltà tal-komunikazzjoni, l-ipproċessar tad-dejta u l-kollaborazzjoni tan-negozju. Dan jiżgura skambju stabbli u preċiż ta 'data tan-negozju bejn sistemi ta' intrapriżi differenti. Fil-prattika, dawn il-konfigurazzjonijiet ġeneralment jitlestew fi ħdan pjattaforma ta 'integrazzjoni jew middleware, u personalizzati skont ir-rekwiżiti ta' msieħba differenti.
Il-konfigurazzjoni tas-saff ta 'komunikazzjoni tiffoka fuq l-issettjar tal-metodu tal-interoperabbiltà u l-parametri tas-sigurtà, bħall-użu ta' protokolli ta 'trażmissjoni bħal netwerks AS2, SFTP jew VAN. Jeħtieġ ukoll il-konfigurazzjoni tal-informazzjoni ta 'identifikazzjoni (ID tal-Imsieħeb), ċertifikati, metodi ta' encryption, u regoli tal-firma taż-żewġ partijiet li jikkomunikaw biex jiżguraw is-sigurtà u l-integrità tad-data waqt it-trażmissjoni. Barra minn hekk, is-settings tal-kju tal-messaġġi, il-mekkaniżmi ta' prova mill-ġdid, u r-regoli ta' timeout jaqgħu wkoll taħt din it-taqsima, użati biex itejbu l-affidabbiltà tat-trażmissjoni.
Il-konfigurazzjoni tad-dejta u tan-negozju tinkludi prinċipalment definizzjonijiet tat-tip ta' messaġġ, regoli tal-immappjar tal-kamp, u regoli ta' konverżjoni tal-format. L-istrutturi tad-dejta ħafna drabi jvarjaw bejn l-intrapriżi, għalhekk il-konfigurazzjonijiet tal-mapping huma meħtieġa biex jiġu mmappjati l-oqsma tas-sistema interna għal oqsma standard tal-EDI. Ir-regoli ta' attivazzjoni tan-negozju huma kkonfigurati wkoll, bħall-ġenerazzjoni tal-ordnijiet, il-feedback tal-konsenja, jew ċikli ta' rikonċiljazzjoni, li jippermettu li l-iskambju tad-dejta tal-EDI jiġi inkorporat fi proċessi tan-negozju speċifiċi.